สีของน้ำมันปาล์มเป็นตัวบ่งชี้คุณภาพที่สำคัญ หลังจากการกลั่นแล้ว น้ำมันควรมีสีเหลืองสดใส สีเหลืองทอง หรือสีเหลืองแดงอ่อน แต่โรงกลั่นบางแห่งยังคงประสบปัญหาน้ำมันสีเข้มอยู่ สิ่งนี้อาจลดมูลค่าของผลิตภัณฑ์และส่งผลกระทบต่อการใช้งาน เช่น น้ำมันปรุงอาหาร มาการีน ไขมันสำหรับทำเนย สบู่ และการแปรรูปอาหาร สาเหตุทั่วไป ได้แก่ คุณภาพน้ำมันดิบต่ำ การกำจัดยางเหนียวหรือการฟอกสีที่ไม่ดี การกำจัดกลิ่นที่ไม่เหมาะสม อุณหภูมิหรือสุญญากาศที่ไม่คงที่ ดินฟอกสีคุณภาพต่ำ และการจัดเก็บที่ไม่ดี น้ำมันปาล์มดิบคุณภาพต่ำ สีสุดท้ายของน้ำมันปาล์มกลั่นนั้นได้รับผลกระทบอย่างมากจากคุณภาพของน้ำมันปาล์มดิบ หากน้ำมันปาล์มดิบมีสีเข้มมาก มีการออกซิเดชันสูง หรือมีปริมาณกรดไขมันอิสระสูง จะทำให้การผลิตผลิตภัณฑ์ขั้นสุดท้ายที่มีสีสดใสทำได้ยากขึ้น น้ำมันปาล์มดิบสดใหม่มีสารแคโรทีนอยด์ตามธรรมชาติ ซึ่งเป็นสารที่ให้สีแดงอมส้มแก่น้ำมันปาล์ม สารสีเหล่านี้สามารถลดลงได้ในระหว่างกระบวนการฟอกสีและกำจัดกลิ่น อย่างไรก็ตาม หากน้ำมันดิบผลิตจากผลปาล์มที่สุกงอมเกินไป ผลปาล์มเน่าเสีย การฆ่าเชื้อที่ไม่ดี หรือการเก็บรักษานานเกินไป สีอาจเข้มขึ้นมาก ปั